Феодор Ласкарис не ошибся в своем выборе - муж его дочери Ирины Иоанн Дука Ватац обладал всеми необходимыми василевсу качествами. Однако братья покойного, Алексей и Исаак, считали иначе. Бежав в Константинополь, они весной 1224 или 1225 г. вернулись, ведя с собой западных рыцарей. Попытка свергнуть Иоанна III с престола завершилась для братьев Ласкари-сов печально. В битве при малоазиатском местечке Пиманион Ватац вдребезги разбил латинское войско, Ласкарисов поймали и лишили зрения.
  Пиманионский разгром ознаменовал перелом в ходе латино-никейских войн. Отныне уже не грекам приходилось отбивать натиск католиков, а наоборот. Одно за другим владения крестоносцев в Малой Азии сдавались Ватацу, быстро стяжавшему славу грозного полководца. Сразу после победы над Ласкарисами Иоанн III снарядил флот и отвоевал острова Лесбос, Самос, Хиос и несколько мелких. Окрыленный успехом, он начал было готовиться к походу на Константинополь, но в Никее поднял мятеж племянник императора Андроник Нестонг. Корабли пришлось сжечь, дабы они не достались латинянам, а василевс поспешил в столицу для борьбы с заговорщиками. Нестонга и его сообщников после подавления бунта приговорили к наказанию путем различного рода членовредительства, но всем оставили жизнь. Георгий Акрополит, современник Ватаца, пишет, что император «всегда отличался человеколюбием».
  Если Феодор I основное внимание уделил организации Никейской империи как таковой, то Иоанн III видел свою задачу в усилении страны, мечтая при этом довести до конца дело предшественника и отнять у врагов Константинополь. Чтобы собрать необходимые средства, василевс воспользовался землями своего обширного домена. На этой территории создавались императорские поместья, работу которых Иоанн III взял под личный контроль. Благодаря разумной налоговой политике и, видимо, широкому применению новых методов хозяйствования производство достигло в них невероятно высокого уровня. Достаточно сказать, что доходов, вырученных от продажи одних только яиц за год, императору хватило на то, чтобы изготовить золотой венец для своей жены!
  Правительство приняло меры для прекращения утечки монеты за рубеж. Специальный эдикт императора предписывал, угрожая в противном случае «бесчестием» (юридический термин, означавший лишение ряда гражданских прав), воздерживаться от покупки иноземных предметов роскоши и довольствоваться тем, что «производит земля ромеев и умеют приготовлять их руки». Даже своего сына Феодора Ватац, увидев в заморском шелковом одеянии, выбранил.
  В результате этих и других реформ Никейская империя при Иоанне III в короткий срок сказочно разбогатела. А так как из-за наступления монголов у соседей империи, турок, настали тяжелые времена и толпы беженцев искали себе защиты от кочевников во владениях греков, ее население еще и увеличилось.
  Если у первого Ласкариса просто руки не дошли до заботы о культуре и науках, Иоанн III уделил этому немало сил и внимания. При его дворе получил возможность работать выдающийся философ средневековья Никифор Влеммид.
  «Соединяя с богатством умственных дарований благородство и твердость характера, - хвалит императора Никифор Григора, - он прекрасно вел и устроял дела правления; в короткое время он увеличил и внутреннее благосостояние ромейского царства, и в соответствующей мере военную силу. Он ничего не делал, не обдумав, не оставлял ничего, обдумав; на все у него были своя мера, свое правило и свое время ... он ... располагал и других, чтобы никто не смел налагать корыстолюбивую руку на людей простых и неимущих». Ватац не любил пользоваться чьими-либо советами. Щедрый к церкви (император поддерживал деньгами не только свое, но и бедствовавшее духовенство Антиохии, Иерусалима и даже Константинополя), он тем не менее не терпел ее вмешательства в свои дела и при случае с ней не церемонился. В 1232 г. василевс, невзирая на сопротивление ортодоксов, пытался вести с римской курией переговоры об унии, чтобы предотвратить казни православных (прежде всего клириков), не желавших поклоняться Богу по католическому обряду и из-за этого подвергавшихся в Латинской империи жестоким гонениям. По смерти патриарха Мефодия II (1240) он оставил православную церковь без верховного пастыря на четыре года, так как не мог найти подходящего кандидата.
  Прочное положение страны позволило Иоанну III в середине 30-х гг. XIII столетия начать широкую кампанию по изгнанию католиков с Балкан (от малоазиатских владений «франков» к тому времени не осталось почти ничего). В 1235 г. он утвердился во Фракии, заключив союз с царем болгарским Иоанном II Асенем. Сблизился василевс и с ярым противником папства германским императором Фридрихом II Гогенштауфеном. Мощный флот - тоже плод усилий Ватаца - обеспечил Никейской державе господство на море, хотя искусство ведения морских сражений у итальянцев оставалось выше, и в 1239 г. они разбили тринадцатью галерами эскадру греков, насчитывавшую тридцать боевых кораблей.
  Последним успехом «франков» стал захват ими в 1240 г. Цурула. После этого территория Латинской империи только сокращалась. Иоанн III с успехом применял нехитрую тактику брать противника измором и уклонялся от решительных сражений. Отвоеванные крепости он отстраивал заново и оснащал сильными, прекрасно снабженными гарнизонами, а захваченных в плен переселял на свои земли. Мало-помалу влияние Никеи в Европе усиливалось. Напуганный успехами смелого государя, папа Григорий IX отправил ему полное оскорблений письмо, угрожая крестовым походом. Иоанн III ответил мудрым и очень язвительным посланием, недвусмысленно указывая западному духовенству на то, что, как всегда, они «благовидными предлогами прикрывают ... жажду власти и золота».
  В 1242 г. власть Ватаца признала Фессалоника, и спустя четыре года василевс с большой пышностью посетил этот город.
  Балканы в XIII в. напоминали бурлящий котел. На этой многострадальной земле вовсю мерялись силами властители Болгарии, Эпира, Константинополя, Никеи, Сербии и много других более мелких любителей потрясать по любому поводу оружием. В 1251 г. вероломный деспот эпирский Михаил II Ангел напал на владения Иоанна III, за что вскоре и поплатился: разгромленный, в следующем году он признал свое государство вассалом Никейской империи. После такого значительного успеха Иоанн III мог смело считать себя крупнейшим монархом среди христианских государей Восточного Средиземноморья.
  Умер Иоанн III Ватац 3 ноября 1254 г. в Нимфее - второй столице Никейской империи. Население города Магнесии, куда из Сосандрского монастыря был в 1307 г. перенесен его прах, чтило его могилу как гробницу святого. Взяв город в начале XIV в., турки уничтожили его останки, но до сих пор в этой местности отмечают день святого «Иоанна Дукса Ватадзи» - 4 ноября по юлианскому календарю. «Время царя Феодора требовало поспешности, - сравнивал Ватаца с его предшественником Никифор Григора, - оттого он и был тороплив; а следующее затем время царствования Иоанна требовало обдуманности, оттого он и отличался ею».
  Георгий Акрополит, свидетель деяний императора, составил ему восторженную эпитафию.