Глубокой ночью 31 октября 802 г. группа придворных во главе с логофетом геникона патрикием Никифором прорвалась во дворец, обманув стражу. Никифор, родом из Писидии (в Малой Азии) и возможно, арабского происхождения, был в срочном порядке коронован и формально стал соправителем Ирины. Спустя несколько дней императрица отправилась в ссылку.
  Впервые за много лет император-самозванец обрел трон без открытой вооруженной борьбы, в результате бескровной перестановки в верхах. Солдаты константинопольских таги благосклонно отнеслись к новому василевсу и не стали вмешиваться в ход дворцовой рокировки. Из фем единственной недовольной оказалась фема Армениак, стратиг которой, Вардан Турок, объявил себя императором и подошел к столице с войском. Но, осознав авторитет и прочность власти Никифора, Вардан, покинутый частью своих союзников (например, будущими императорами Львом Армянином и Михаилом Травлом), отступил и запросил пощады, вскоре получив ее на условии прекращения борьбы и пострижения в монахи.
  После нескольких лет автократии Ирины положение империи было сложным. На западе властвовал Карл Великий, признать которого ромеи, несмотря на всю его силу, не желали, с востока по-прежнему грозил арабский халифат, с севера теснили болгары. Внутри страны бунтовало монашество, желавшее полностью освободиться из-под опеки государства и патриарха.
  Никифор I, человек большого ума, принялся исправлять положение. Он быстро навел порядок среди хаоса, в который ввергли страну евнухи Ирины. В 803 г. удалось заключить перемирие с Карлом, который в обмен на отказ Византии от Рима и Средней Истрии признал ее права на Южную Италию, дукат Венеция и Далматинское побережье. Началась христианизация славян Греции и их «эллинизация» путем массовых переселений туда, на территорию вновь образованных фем Диррахий, Пелопоннес и Фессалоника более цивилизованного населения Малой Азии.
  Никифор резко уменьшил податные льготы монастырям и церкви вообще и произвел ревизию финансовой политики. Частным лицам было запрещено заниматься ростовщичеством, а функцию предоставления кредитов (под фиксированный достаточно низкий процент) взяло на себя государство. Среди крестьян (основного податного сословия) при взимании налогов стал вводиться аллиленгий - круговая порука, когда сельская община платила за неспособных к уплате своих членов.
  Скопив средства, император возвел ряд пограничных крепостей на границах с болгарами и арабами. Человек гражданский, он куда лучше многих «военных» императоров сумел организовать армию, прежде всего усилением связи землевладения с обязательной воинской службой. Крестьяне, если по бедности не могли выставить воина-стратиота с необходимым вооружением от семьи, делали это в складчину, навклирам (собственникам кораблей) император задешево продавал земли фиска с тем же условием непременной службы - во флоте. Однако осуществлению реформ Никифора Геника мешало внутреннее сопротивление знати и духовенства, а также войны.
  В 806 г. арабы с огромным трехсоттысячным войском напали на империю, дойдя до Гераклеи Понтийской и разрушив многие выстроенные василевсом укрепления; тогда же самозванный дука Венеции Обелерий перевел дукат под протекторат франков, и в Адриатике вспыхнула война, с перерывами тянувшаяся до 810 г. В 807 г. мусульмане, опустошив Кипр и Родос, начали появляться у берегов Сицилии, а орды болгарского хана Крума в 809 г. взяли крепость Сердику (Софию).
  Все громче звучали при дворе голоса оппозиционеров, критиковавших императора. Никифору стоило больших трудов продолжать свою линию, но он не собирался сдаваться, и многое ему удалось. Был осужден на поместном соборе 809 г. и сослан Феодор Студит - известный теолог и писатель, «рупор» оппозиционной аристократии и монашества, а в мае 810 г. император значительно повысил налоги с землевладельческой знати, обязав внести в казну прибавку и за предыдущие восемь лет его правления. Обложению подверглись и доселе неприкосновенные хозяйства византийских монастырей. И, хотя эти и им подобные меры вызывали известное недовольство, к открытым выступлениям против императора они не привели, а вытребованные им богатства пригодились для чеканки монеты.
  Посол ромеев в Аахене договорился с Карлом о предварительном перемирии на условиях 803 г.
  Несмотря на очевидную разумность политики Никифора, некоторые сребролюбивые церковники, знавшие лишь выгоду своей мошны, обливали императора грязью, обвиняя его в жадности, жестокости и потрясающей - вплоть до сурово наказуемого в Византии греха мужеложства - развратности. Еще более усиливало их неприязнь к Никифору то, что он, несмотря на свое иконопочитание, никогда не шел на поводу у официального клира, даже в таком вопросе, как преследование еретиков - их никто не трогал. Что касается личных воззрений автократора, то многое могло показаться в те времена почти кощунством - например, император говорил, что на Земле нет никого (то есть даже и Бога!) могущественнее государя, лишь бы правил он своими подданными твердо и осторожно.
  Короткое царствование Никифора I оказалось для Византии чрезвычайно плодотворным. Наполнилась казна, окрепла армия, императорская власть казалась как никогда прочной. Однако успехи вскружили голову василевсу. Он решил навсегда устранить болгарскую угрозу и недооценил своего противника. Поход 809 г., предпринятый ромеями, не удался из-за измены одного из полководцев и слабой подготовки. Два года василевс готовился к реваншу. И вот летом 811г. большое войско, которое вели сам Никифор I и его сын Ставракий, перешло фракийскую границу. Хотя многие были вооружены недостаточно, по словам летописца, «пращами и палками», император, преодолев сопротивление Крума, взял и сжег столицу болгар - Плиску. Хан запросил мира, но Никифор, не сумевший вовремя остановиться и извлечь реальные выгоды из сложившейся ситуации, потребовал от него безусловной покорности. Болгары, ожесточась, решили либо умереть, либо отстоять свою независимость, и заперли Никифора в Вырбишской теснине, куда император, неопытный в военных делах, позволил заманить себя и своих солдат. 26 июля 811г. лагерь ромеев был взят приступом, немногим из них удалось избежать кровавой резни и скрыться. Сам Никифор и все командование, кроме Ставракия, погибли. Отрубленную голову василевса Крум приказал выставить на пике, а затем распорядился изготовить из черепа Никифора I Геника драгоценный кубок, оправив его в серебро.
  Многие считали разгром армии Никифора и гибель его самого наказанием «от Бога» за жесткую политику в отношении имущества православной церкви и гордыню. Как бы то ни было, гибель царя и армии не принесла империи ничего хорошего. За несколько лет, прошедших с этого события, в стране, находившейся в окружении внешних врагов, произошло несколько крупных мятежей.