Никифор Вотаниат причислял себя к потомкам рода Фок. Авторитетом среди почти всех слоев империи он пользовался несомненно большим, нежели неспособный Михаил VII. Во всяком случае, после коронации Вотаниата (3 апреля 1078) его признал государем даже независимый Филарет Вахамий.
  Новый василевс казнил ненавистного многим Никифорицу, но следом возвысил двух не менее свирепых и жадных фаворитов - «скифов» Борила и Германа, бывших своих рабов.
  Несмотря на старость, Никифор III женился на красавице императрице Марии, хотя ее первый муж, Михаил Дука, был жив. За это папа Григорий VII предал василевса анафеме.
  Никифор III оказался правителем не слишком разумным. Желая заручиться симпатией подданных, он принялся раздавать казну всем желающим - церкви, войску, чиновникам - и та вскоре опустела. Так, по словам Никифора Вриенния Кесаря, «император употребил во зло свою щедрость». Траты оказались бесполезными - царствование Вотаниата буквально потонуло в мятежах военно-землевладельческой знати.
  Никифора Вриенния, с которым Вотаниат договориться не смог, разбил Алексей Комнин. Однако не успел последний, получивший за победу титул севаста, вернуться, как Фессалонику захватил восставший стратиг Диррахия Никифор Василаки. Алексей справился и с ним. Летом 1079г. Константин Дука , брат и соправитель Михаила VII, возмутил стоявшие на восточном берегу Босфора отряды «бессмертных» (греческая гвардия, созданная по образцу персидской царской стражи). Но, взвесив, с одной стороны, посулы Константина, а с другой - деньги, предложенные Вотаниатом, «бессмертные» выдали Дуку императору. В конце 1080 г. в Никее поднял мятеж еще один Никифор - Мелиссин, пригласивший себе в помощь сельджуков. Мятеж охватил восточные провинции, а в феврале 1081 г. лучшие полководцы империи - братья Алексей и Исаак Комнины выступили против василевса. К концу марта Алексей Комнин, провозгласивший себя императором, осадил столицу. Его товарищ Георгий Палеолог подкупил охранявших одну из крепостных башен Влахернской стены немцев, и те 1 апреля, когда штурм города начался, неожиданно принялись пускать стрелы в спину несчастным солдатам Вотаниата, сторожившим Харисийские ворота. Головной отряд Палеолога ворвался в город, вслед за ним в Константинополь вошло все мятежное войско и начался повальный грабеж.
  Хронист Иоанн Зонара вспоминал: «то была смешанная толпа фракийцев, македонцев, ромеев, варваров. По отношению к своим соплеменникам они вели себя хуже врагов, и дело дошло до кровопролития. Они оскверняли дев, посвятивших себя Богу, и насильничали над замужними женщинами, они вытаскивали украшения из Божьих храмов и не щадили даже священных сосудов... Встретив синклитиков, они стаскивали их с мулов, а некоторых раздевали и пускали полуголыми по улицам. И все это происходило в течение целого дня». Отец Георгия, Никифор Палеолог, в отличие от сына сторонник Вотаниата, предложил напасть на брошенного недисциплинированной армией узурпатора и убить его, но василевс решил снестись с Никифором Мелиссином и побить одного мятежника с помощью другого. Однако флот, который попытались отправить к Мелиссину, не подчинился. Борил вывел отряды наемников - единственную боеспособную силу в городе - на площадь и вторично предложил Вотаниату разделаться с Комнинами, утратившими контроль над своим воинством. Никифор III метался в панике, и тут патриарх Косьма, желая прекратить кровопролитие, заставил императора пойти на переговоры с Алексеем. Василевс согласился усыновить Алексея и передать ему власть, а сам обещал удовлетвориться лишь правом на ношение императорских одежд и титулом. Комнин, находившийся в затруднительном положении, хотел было согласиться, но кесарь Иоанн Дука прогнал послов Вотаниата, заявив им, что такое-де уместно было предлагать до штурма, а теперь старику Никифору III следует помыслить не о троне, а о спасении. Получив такой ответ, Вотаниат направился в св.Софию. Борил, заметив на нем богато украшенную накидку, злорадно усмехаясь, сорвал ее со своего беспомощного господина. Перед принятием схимы Никифор сокрушался, что единственное, о чем он жалеет, так это о воздержании от мясной пиши (православным монахам разрешалось употреблять мясо только по большим церковным праздникам или во время болезни).